Ci troviamo nel terzo capitolo delle Guerre di Terminal, dopo che Costellazione Sombrero e Brancomalvagio Kerykeion hanno sconfitto la divinità Sophia, evocata da Winda, Pretessa dei Gusto (vedi l’artwork di Mist Valley Shrine, che rappresenta proprio la pretessa mentre “prega” davanti al santuario che ricorda molto il profilo di Sophia). Dopo che la guerra è finita, i due guerrieri (Sombress e Kerikeion) lasciano il pianeta in pace.
Naturia Leodrake e Stellswarm Roach ricevono dalle radici del Sacro Albero Naturia un energia che li erge verso “un nuovo livello dell’esistenza al di fuori del ciclo delle reincarnazioni”.
Ma, mentre passano molti anni pacifici sulla superficie, in cui i sopravvissuti provano a costruire una vita tranquilla lasciandosi alle spalle il dolore e le sofferenze dell’ultima guerra, il nucleo vitale nel petto di Cavaliere-Gemma Diamante Maestro (che aveva ceduto le sue forze a Cavaliere-Gemma Lazuli per la trasformazione in Sombress) viene riattivato dopo anni da un energia oscura, generando un mostro chimerico e vagabondo formato dalle innumerevoli fusioni attuate da Cavaliere-Gemma Cristallo: Cairngorgorm. Cairngorgorm vaga per le profondità del pianeta fino a che la sua testa non si stacca esausta dal corpo, rilasciando un’ombra terrificante che avvolge e trasforma la creatura più vicina: Winda.
Nessun artwork (sono la fonte principale della trama) ci svela cosa succeda, perciò dobbiamo immaginarci ognuno la propria ipotesi: nella fattispecie, osservando l’artwork di El Shaddoll Winda dove si può notare come quest’ultima tenga nello scettro il nucleo vitale oscuro di Cairngorgorm e che questa è l’unica Shaddoll a non avere fili né da burattino né da burattinaio, ho intuito che probabilmente El Shaddoll Winda è una specie di “Shaddoll Originale”, che ha plasmato successivamente con l’ausilio dello Shaddoll Core (la stessa testa di Cairngorgorm) le altre Bamboleombra (Falco, Hedgehog e Beast). El Shaddoll Winda manda le sue creature ad attaccare le tribù della superficie.

Qua fanno la comparsa nuove tribù:
-quella dei Satelcavalieri, discendenti dei Sacred Knight incaricati di difendere Terminal da nuove minacce, capaci di combinarsi per formare guerrieri più potenti;
-quella dei Domatori, discendenti dei Gusto, che sono in grado di addestrare e convivere con creature leggendarie della Foresta Naturia: le Ritual Beasts;
-quella dei Cavalieri Necloth, composta dagli ultimi sopravvissuti dell’antica tribù Barriera di Giaccio/Gishki, che hanno scoperto e appreso l’arte di rivestirsi delle anime ed usarle come armature.

Le Shaddoll attaccano casualmente la prima tribù, i Satelcavalieri, che dunque combattono gli invasori non senza difficoltà: quando però uno di loro (Unuk) viene convertito in oscurità dallo Shaddoll Core e trasformato in Shaddoll Squamata, i Satellcavalieri implorano Sombress ad inviare un aiuto dal cielo; e questo genera dagli elementi sulla terra gli Yang Zing (Yang Zing Creation). Le battaglie procedono, ed è qua che fa la sua comparsa El Shaddoll Contruct: questa è il primo burattinaio nelle mani di Winda, anche se in realtà silenziosamente si annida in quel corpo una presenza sinistra…
Anche gli Yang Zing vengono colpiti dallo Shaddoll Core, che duplica le ombre di Suanni, Fire of yang Zing (Shaddoll Dragon) e Pulao, Wind of Yang Zing (il destriero di El Shaddoll Winda).
Per molto tempo queste due forze continuano a combattersi, senza che tuttavia le due tribù unite riescano a sradicare le creature oscure gestite dalle corde oscure dell’invincibile El Shaddoll Construct.

Nelle profondità Winda comprime in dieci sfere l’energia rilasciata da ciascuno dei dieci nuclei vitali dei Cavalieri-Gemma, e utilizzando queste come articolazioni dei resti di Cairngorgorm genera El Shaddoll Egrystal. Con due burattinai le Shaddoll attaccano la Foresta Naturia al centro della quale si innalza fin in cielo l’Albero Sacro, le cui radici si narra che raggiungano il centro del pianeta. Stellacavaliere Deltheros e Stellacavaliere Triverr riescono ad abbattere al di fuori della Foresta El Shaddoll Egrystal; purtroppo, Winda riesce a raggiungere con poche delle sue forze la base dell’Albero Sacro, dove trova ad aspettarlo Leo, Custode dell’Albero Sacro: Winda è troppo forte, e con diversi colpi di sfere di energia blu riesce nel suo intento di rompere le radici dell’Albero.
Nessuno però si sarebbe immaginato che il Sacro Albero si sarebbe messo a levitare in cielo, rivelando sotto di sé un sigillo antico: la Fonte Qliphort.
Le dieci sfere di Egrystal incominciano a volare e volteggiano velocemente dirette verso la Fonte, incastrandosi a perfezione ognuna in uno dei dieci alloggiamenti. In ogni parte del pianeta, si risvegliano dopo millenni di abbandono le Qliphort, overcraft incantati che custodiscono ciascuno un importante carico…
Le Qliphort sono comandate da un computer centrale, Qliphort Scout, che manovra dalla Fonte ogni astronave dirigendola verso la Foresta Naturia. È lo stesso Scout molto probabilmente ad ordinare ad El Shaddoll Construct e Apoqliphort Towers di unirsi in una creatura atta a gestire sia le Shaddoll che le Qliphort: El Shaddoll Shekhinaga.
Ormai la guerra è degenerata, diventando un conflitto delle Tribù unite contro creature oscure che cercano di portare una nuova era di morte e distruzione sul pianeta. All’alleanza si aggiungono i Domatori, che con il loro legame con le Ritual beasts possono riuscire a ribaltare l’esito delle battaglie, e i Cavalieri Necloth che grazie ai loro Nekroz controllano creature potenti quali i leggendari Draghi della Barriera di Ghiaccio (Brionac, Grugnir, Trishula). Tra le fila di questa nuova alleanza capitolano anche due ragazzi: Shurit, figlio di Emilia e Avance dei Gishki, e Pirika, la figlia di Rezee e Kamui Gusto. Mentre Pirika assiste in prima persona alla violenza delle battaglie in atto, cercando di imparare a cavalcare il suo Ritual Beast “Rampengu”, Shurit si allena per apprendere il controllo di Trishula, il più potente dei draghi della Barriera di Ghiaccio che una volta aveva congelato l’intero Terminal.
Exa, un guerriero dei Necloth che discende da alcuni abitanti della Gola Drago, si mette in viaggio lontano dalla guerra alla ricerca di un arma dei suoi antenati che potrebbe ribaltare l’esito dell’intera guerra…
Ma il vero inferno deve ancora comparire sui campi di battaglia.
Per qualche strana ragione, improvvisamente i Qliphort smettono di funzionare. I messaggi di errore nella memoria di calcolo di queste macchine da guerra portano alcuni di essi ad implodere: Qliphort Monolith rilascia un onda di fuoco bluastro che incendia tutta la foresta, e dai resti delle Qliphort fuoriescono mostri meccanici con sembianze demoniache, antiche creature leggendarie chiamate Infernoid. Vedendo quello che è successo, la brutalità di queste nuove creature, Winda cerca di opporsi e attacca Qliphort Scout.
El Shaddoll Construct, Qliphort Scout, e Infernoid Nehemoth sono controllati da un entità superiore che fino a quel momento era rimasta silenziosa, procedendo con il suo piano: l’Apostolo del Purgatorio.
Satellarcavaliere Sacred Knight Diamond ingaggia battaglia contro Infernoid Nehemoth, dalla quale nessuna delle due creature esce viva.
Wen, una Domatrice amica di Pirika, viene attaccata dall’ombra dello Shaddoll Core e diventa anch’essa una Bambolaombra.
Shurit impara a gestire l’anima di Trishula, e con il suo Nekroz of Trishula ingaggia battaglia contro Shekinaga: quest’ultima viene distrutta ed El Shaddoll Construct congelato nei ghiacci eterni.
Ma la vera guerra, quella che ora si svolge contro gli Infernoid, rischia di annientare definitamente la vita sul pianeta. Occorre una mossa definitiva da parte delle tribù unite.
Il rogo che bruciava la foresta aveva rivelato un altro sigillo nascosto sotto le chiome dell’albero: la Fonte Zefra, l’arma lasciata da Sophia per equilibrare lo strapotere della Fonte Qliphort. Purtroppo, per attivare la Fonte le tribù avrebbero bisogno della Divinità Creatrice, che tuttavia è caduta alla fine dell’ultima guerra: Emilia Gishki riesce a evocarla e successivamente ad acquisire il Nekroz di Sophia.
Sombress (Ptolemaeus) e Kerykeion (Naga) ritornano sul pianeta per combattere in difesa delle tribù.
Lara, una Domatrice impavida, chiede ed ottiene da Leo il permesso di cavalcarlo in un Legame detto Gaiapelio.
La Fonte irradia una luce accecante, una luce di speranza che avvolge i Dieci Scelti di Zefra:

-per la tribù Nekroz Exa e Avance
-per i Domatori Wen, purificata dalla luce della Fonte, e Pirika che impara a cavalcare Rampengu;
-per i Satellacavalieri, Exciton Knight e Altair unito all’armatura di Chiwen, Luce degli Yang Zing;
-per le Shaddoll, una forma nuova di Cairgorgorm, che ha riacquisito parte della coscienza di Crystal, e Naga;
-per gli Yang Zing, si generano Fuxi e Qliniu.

Gli Zefra riescono finalmente a sconfiggere uno a uno tutti gli Infernoid tranne uno, Lilith, che mossa dal controllo dell’Apostolo usa il suo fuoco per liberare Construct e avvolgendolo diventano El Shaddoll Anomalilith. L’Apostolo crede di avere la vittoria in pugno, tuttavia c’è ancora un arma segreta nelle mani dell’Allenza Zefra: si tratta della Lancia Divina Dragunità, l’arma che Exa era andato a cercare.
Emilia e Ptolemaeus scagliano la lancia contro l’avatar dell’Apostolo, che si disintegra in milioni di frammenti di ghiaccio e metallo oscuro.
La pace sembra essere finalmente ripristinata, ma un’ultima battaglia attende l’Alleanza delle tribù.

L’Apostolo, che si è rifugiato nella testa di Lilith, richiama a sè i dieci Dekatron appartenuti agli Infernoid, e con essi riattiva la Fonte Qliphort.
Dall’Albero Sacro sorge l’ultimo nemico da sconfiggere: la Divinità Stabilizzatrice, controparte di Sophia, Tierra.